在這次變局中興起的穆斯林兄弟會（以下簡稱“穆兄會”）等伊斯蘭主義勢力與卡塔爾向來有著不錯的關系，卡塔爾通過支持這些伊斯蘭主義勢力，希望在這些劇變國家擁有更大的影響力。埃及前總統穆巴拉克下臺后，穆兄會候選人穆爾西在當選埃及總統，卡塔爾隨后向埃及提供了大量經濟援助，兩國關系進入蜜月。

可惜好景不長，2013年7月，穆爾西被埃及軍方解除職務。隨后上臺的新政府將卡塔爾看作威脅國家安全穩定的外部勢力，對半島臺等卡塔爾媒體也采取打壓措施，兩國關系急轉直下。沙特、阿聯酋等海合會國家在劇變中的立場也與卡塔爾全然相反，雙方之間產生了矛盾。

沙特、阿聯酋對伊斯蘭主義勢力的上升充滿戒心，不希望看到穆兄會上臺，支持埃及軍方革除穆兄會。而卡塔爾則指責埃及軍方發動“政變”、推翻民選政府。沙特、阿聯酋、埃及對卡塔爾的“親穆兄會”政策十分不滿，要求卡塔爾停止庇護和支持穆兄會。

這一矛盾在2014年達到頂峰。當年5月，沙特、阿聯酋和巴林宣布召回駐卡塔爾大使，以抗議卡塔爾“干涉內政”。雖然卡塔爾表示不允許有人利用卡塔爾領土顛覆他國政權，隨后與沙、阿等國緩和了關系，但并沒有驅逐居留在卡塔爾的穆兄會成員，雙方之間的矛盾沒有徹底化解。

穆罕默德·穆爾西（Mohamed Morsi） 

未來關系難預料

卡塔爾的外交政策雖然幾經調整，但有一點沒有改變過，那就是和美國的盟友關系。卡塔爾不僅為美國提供軍事基地，還是美軍中央司令部的所在地。美國總統特朗普稱贊卡塔爾是打擊恐怖主義的“戰略伙伴”。不過，來自沙特、阿聯酋、埃及等國和華盛頓的一些聲音卻認為美國應該促使卡塔爾放棄支持伊斯蘭主義運動和庇護穆兄會。

5月23日，在華盛頓舉辦的一場會議上，美國前防長蓋茨建議特朗普政府提醒卡塔爾，如果對方繼續支持恐怖主義活動，美國有可能將軍事基地的選址移至其它海合會國家。前大使丹尼斯·羅斯最近在一篇文章中寫道，卡塔爾在打擊恐怖主義上不是美國的盟友，美國應該表明可能將中央司令部遷往別處，除非卡塔爾成為“一位真誠的伙伴，而不是助長我們需要抗爭的威脅的話”。